Долго провозился в первый раз с этим вопросом, но случайно наткнулся на статью в каком то блоге.
Решается проблема добавлением следующих строк в начало файла вашего шаблона header.php:
CUtil::InitJSCore();
CJSCore::Init(array("fx"));
CJSCore::Init(array('ajax')); CJSCore::Init(array("popup"));
CJSCore::Init(array("fx"));
CJSCore::Init(array('ajax')); CJSCore::Init(array("popup"));